線画抽出する画像を表示させたら、「色」→「色を透明度に」を選択。

この時色選択の意味は、選択した色と最も近い色から消していき、最も離れた色に向かって残す、という処理を行います。線画抽出は黒の描線を浮き立たせる事が、主な目的だと思われますので、ここでは「白」を選択します。

上の画像が、線画抽出した画像です。左の元画像の線だけが抽出されていると思います。
白い円は、分かり易く線画抽出した画像の下に、白を下地として挟んでいます。