アルファチャンネルは「選択領域を保存する」事が出来る機能です。
具体的にどういった事に役に立つかと言うと、CGイラストを描く場合、レイヤーという機能を使って描く事が基本になります。レイヤーとは、透明のキャンバス（セルの様な物）の事です。それを何枚も上に重ねて絵を描いていきます。各部分をそれぞれ分割して着色するのでメリットがありますが、各部分それぞれに専用の新規レイヤーを作るので、レイヤー数はそれなりの数に達します。多い人は 100枚、200枚を超える絵師もいます。
レイヤーを使った作画の最大の特徴は、部分々々で新しいレイヤーに着色するので、他の領域を侵さなくて済む、という事です。レイヤーの重ね方によっては、はみ出して塗っても上のレイヤーで隠れるので、問題無くなります。しかし、レイヤーの数が増えれば増えるほど、メモリを圧迫していく事になります。
アルファチャンネルとは、こういったレイヤーの新規作成数を減らす事が出来ます。アルファチャンネルは、一枚のキャンバスから、部分部分の選択領域だけを保存する事が出来ます。そして手を加えたい所のアルファチャンネルを呼び出し、わざわざ新規レイヤーを作らずとも、その部分だけを塗る事が出来るのです。これによってメモリ消費量を減らす事が出来ます。やろうと思えば、たった一枚の画像だけで仕上げる事も可能です。この方法はまだPCの性能が低かった、昔のCGイラストレーターがよく使用していた方法の様です。