まずCMYKをサポートさせるプラグインをダウンロードします。プラグインはGIMP Plugin for CMYK separationからダウンロードして下さい。一番下の「Windows (source + binary) for GIMP 2.x」の左のボタンをクリックすればダウンロード出来ます。

CMYKを利用するにはiccとicmファイルが必要になります。もしこれらをパソコンにインストールしていない場合はAdobeのサイトからダウンロードしてきます。ICC Color Profiles
英語のサイトで分かりにくいかも知れませんが、「Browse all downloads by product」の下にある「A-E | F-I | J-Z」のF-Iをクリックします。移動したF-Iカテゴリの「Adobe ICC Color Profiles」の部分の右のDownloadをクリックしダウンロードします。

ダウンロードした「separate_gimp20_win32」フォルダと「AdobeICCProfiles_end-user」フォルダをGIMPで使えるようにします。
まず、「separate_gimp20_win32」フォルダを開きアプリケーションプログラムの「separate」という青いアイコンのプログラムを表示します。次に「GIMP-2.0」→「lib」→「gimp」→「2.0」→「plug-ins」を開きそこに「separate」をドラッグ＆ドロップさせます。

今度は「GIMP-2.0」フォルダの中に「ColourProfiles」という名前のフォルダを作成します。作成した「ColourProfiles」の中に「AdobeICCProfiles_end-user」フォルダの中の「RGB Profiles」と「CMYK Profiles」の二つのフォルダをドラッグ＆ドロップさせます。

これでGIMPでCMYKを利用する事が出来る様になりました。

実際にGIMPで追加したプラグインの使い方を解説します。
GIMPを起動します。起動したら何でもいいのでRGB形式の画像を開きます。次に「画像」→「separate」→「separate（to Colour）」を選択します。

するとダイアログボックスが表示されます。上の項目には「RGB Profiles」から下の項目には「CMYK Profiles」から任意のものを選択します。印刷する紙によって使い分けます。

実行した画像が右図です。

元々のRGB画像がシアン、マゼンダ、イエロー、ブラックの四つに分解されています。しかしどうもここで表示される画像は、あまり当てにならない様です。
CMYKで画像を保存したい場合には、「画像」→「separate」→「save」を選び、適当なフォルダに保存して下さい。画像形式はTIFF形式で保存されるので画像名の末尾をTIFにして下さい。実際のCMYKに変換した画像の確認には、CMYKに分解した画像のメニューから「画像」→ 「separate」→「proof」でダイアログボックスは先ほどと同じ物を指定し、OKをクリックします。すると画像が表示されます。

左から「元画像」、「CMYK分解しただけの画像」、「proofで色味を確認した画像」、「saveからCMYKカラーモード、TIFF形式で保存した画像」です。（ソースに「sRGB Color Space Profile.icm」、デスティネーションに「JapanColor2001 Coated.icc」を指定しています）
画像が小さいのであまり感じないかも知れませんが、画像の雰囲気はかなり変わっています。変換した画像が納得いかなかったら、RGBの画像を事前に色補正しておきます。

※：しかし注意しなければいけないのは、この separateプラグインはまだ実験段階の物だという事です。そのためまだまだ使いづらく、フォトショップと肩を並べるまでには至ってはいません。そのためこのseparateプラグインを利用しても何処まで同人誌印刷、商業印刷の分野で有用なのかはわからない状態です。separateプラグインは、その程度の物だと思って利用して下さい。

まずこちらのサイトから「separate+_20070727.zip」と「liblcms-1.dll.zip」をダウンロードして下さい。
もし、すでに旧separateプラグインを入れている場合は、削除しておいた方が無難です。両方を入れてしまうと、おかしな表示になってしまいます。

ここは旧separateと全く同じなので割愛します。

ダウンロードしたseparate+_20070727.zipの中の「bin」→「win32」へと進み、中にある「separate」、「separate_import」をコピーします。
今度は「GIMP-2.0」→「lib」→「gimp」→「2.0」→「plug-ins」の中に、先ほどの二つのファイルを貼り付けます。

今度はダウンロードしたliblcms-1.dll.zipの中の「liblcms-1.dll」をコピーし、「GIMP-2.0」→「bin」の中の同名のファイルと置き換えて下さい。念のため元ファイルは、リネームしてバックアップを取っておいた方がいいでしょう。
これでseparate+プラグインが使える様になりました。

すでにseparate+は使用可能ですが、日本語化はされていません。日本語化するには、separate+_20070727フォルダの中の「po」へ移動し、「ja.gmo」ファイルを「separate.mo」という名前にリネームし、今度はGIMPの「GIMP-2.0」→「lib」→ 「locale」→「ja」→「LC_MESSAGES」へ進み、コピーを貼り付けます。
これでseparate+プラグインが日本語化されたと思います。

右図は「画像」からseparate+を選んでいる画像です。
separate+は旧separateと比べて、プルーフの機能がかなり高精度になっていると感じられます。

ダイアログが表示されます。チェックボックスはそれぞれ図の様に設定されるのが良いでしょう（カラースペースが埋め込まれておらず、画像は変わっていますが、そこは気にしないで下さい）。

すると、下の画像が作成されます。
この時表示されている画像は、あまり当てにならないので、実際に印刷された時の画像のシミュレーション画像を確認したい時は、「画像」→「separate」→「proof」から確認してみて下さい。proof画像はただの確認用ですから、終わったら削除して下さい。

CMYKモードでの保存は、「画像」→「separate」→「save」で、拡張子を.tif形式で保存して下さい。「プロファイルの埋め込み」でカラースペースを埋め込みます。

separate+プラグインのフォルダには、別に「icc_colorspace」というプラグインが同梱されています。これはカラーマネジメントを行う上で役に立つプラグインです。この際に入れておきましょう。
「bin」→「win32」へと進み、中にある「icc_colorspace」をコピーします。次に、「GIMP-2.0」→「lib」→「gimp」→「2.0」→「plug-ins」へ行き、貼り付けます。これで完了です。
このプラグインがあると、開いている画像にカラースペースが埋め込まれているかどうかを確認する事が出来ます。icc_colorspaceは、「画像」→「モード」から使用する事が可能です。

左が導入前、右が導入後です。

Assign colorspace...は、画像にカラースペースの割当てを行います。
Convert colorspace...は、画像のカラースペースを変換します。