GIMPを起動すると、上部メニューの「Script-Fu」から「縦書きふ？（小型）」が使える様になっています。

使い方はさして難しくありません。ダイアログボックスに振り仮名の入力法も書いてあります。
多少動作速度が遅い感じがしますが、機能は十分だと思います。